Het is zes jaar na de fatale mislukking van het Jurassic Park. De dinosauriërs zijn vernietigd, het park is ontmanteld en het eiland is voor onbepaalde tijd gesloten voor het publiek. Maar...er doen hardnekkige geruchten de ronde dat er op diverse plaatsen in Centraal-Amerika onbekende beesten zijn gesignaleerd. Aangelokt door het vooruitzicht van nieuwe wetenschappelijke ontdekkingen en experimenten, besluit de briljante, maar arrogante paleontoloog Richard Levine een expeditie te organiseren. Uitgerust met de allermodernste apparatuur trekken hij en zijn team naar een klein eilandje voor de kust van Costa Rica...