Eduard en Charlotte, een aristocratisch echtpaar, leiden een idyllisch bestaan op hun landgoed. Zij nodigen een jeugdvriend van Eduard en een nichtje van Charlotte, die beiden in problematische omstandigheden verkeren, uit en geven hun een taak op het landgoed. Wat begon als een verstandige regeling waarbij iedereen baat zou kunnen hebben, loopt uit op een groot drama. Zoals Eduard in een conversatie over chemie al omineus zegt: `De affiniteiten worden pas interessant als ze scheidingen teweegbrengen.
Affiniteiten had veel invloed op kunstenaars en filosofen. Thomas Mann las het werk vijf keer toen hij Dood in Venetië schreef. De gebroeders Taviani verfilmden de roman als Le affinità elettive en Gerrit Komrij baseerde er zijn toneelstuk Het chemisch huwelijk op.