Het eens zo machtige Rome is in verval geraakt. De stad wordt overspoeld door rampspoed en verloedering en haar inwoners gaan gebukt onder het juk van de familie Borgia. Er is maar één man die hen kan bevrijden van deze tirannie: Ezio Auditore, de meesterassassijn.
Ezio's missie vraagt het uiterste van hem. Cesare Borgia, nog kwaadaardiger en gevaarlijker dan zijn vader, de paus, zal niet rusten voordat hij heel Italië heeft veroverd. En in zulke verraderlijke tijden zijn samenzweringen aan de orde van de dag, zelfs binnen de gelederen van de broederschap...