Florence, 1476. Lorenzo' de Medici leidt de stad, die wordt beheerst door rivaliteit tussen de bankiersfamilie Vieri en de familie van marktkooplui Auditore.
De zeventienjarige Ezio Auditore stelt alles in het werk om het verzet tegen de Vieri's van de grond te krijgen. Die halen Ezio's familie voortdurend door het slijk. De grond wordt de Auditores te heet onder de voeten en Ezio's vader besluit dat zijn zoon tijdelijk moet verdwijnen. Hij stuurt hem op een belangrijke missie: cruciale documenten bezorgen bij Lorenzo' de Medici.
Op zijn weg ontmoet Ezio invloedrijke wijzen als Leonardo da Vinci en Niccolò Machiavelli. Hij weet dat hun kennis voor hem van het grootste belang is om te overleven. In zijn strijd om corruptie te lijf te gaan en de reputatie van zijn familie in ere te herstellen, groeit hij uit tot een bekwaam moordenaar.
Voor zijn tegenstanders is hij een nachtmerrie, maar voor zijn bondgenoten onwikkelt Ezio zich tot een kracht van hoop en verandering. De waarheid zal geschreven worden in bloed.