Iron Man en Captain America: twee kernleden van de Avengers, ’s werelds grootste superheldenteam. Wanneer een tragisch gevecht een gigantisch gat slaat in de stad Stamford en honderden burgers om het leven komen, eist de Amerikaanse overheid dat alle superhelden hun maskers afdoen en zich laten registreren. Voor Tony Stark – Iron Man – is dit een onfortuinlijke, maar noodzakelijke stap. Maar voor Captain America betekent het een ondraaglijke aanslag op de burgerlijke vrijheden.
En zo begint de Civil War, de burgeroorlog.