De Amerikaanse wiskundige Marty Zellerbach en de befaamde computerexpert Emile Chambord hebben in Parijs in het diepste geheim een prototype van een moleculaire computer ontwikkeld.
Een explosie en een brand vernietigen een deel van het beroemde onderzoeksinstituut.
Reden voor wetenschapper en beroepsmilitair Jon Smith om in actie te komen. Zellerbach is namelijk zwaargewond en ligt in coma, en van Emile Chambord ontbreekt ieder spoor.
Robert Ludlum schreef De Armageddon Machine samen met Gayle Lynds.