Dokter John Dolittle kan met dieren praten en weet daarom precies wat ze mankeert. Zo vertelt een paard hem dat hij geen pillen nodig heeft maar een bril, en helpt hij een krokodil van zijn kiespijn af.
Als op een koude winteravond een zwaluw komt vragen of de dokter naar Afrika wil afreizen om daar een kolonie zieke apen te genezen, aarzelt hij geen moment. Samen met de dieren die hij op zijn reis meeneemt, beleeft hij bizarre avonturen waar jong en oud van zal smullen.