Wanneer de Franse verzamelaar Nicolas Dampierre op een geheimzinnige code stuit die te maken heeft met de verdwenen oertekst van het scheppingsverhaal, gaat hij onverwijld op onderzoek uit. Hij ontmoet de Italiaanse journaliste Eva Chimanti, die een artikel wil schrijven over de illegale handel in oudheden. Het tweetal wordt tijdens hun bloedstollende queeste, die over drie continenten voert, tegengewerkt door een machtige organisatie die banden blijkt te hebben met de Orde van Malta en het Vaticaan. Ze komen steeds dichter bij de sleutel, maar ze zijn er nog lang niet…
In filmisch geschreven scènes voert Tom Vanderlaken de lezer mee langs bestaande locaties en echte documenten, en geeft hij een blik achter de schermen bij organisaties als de CIA. Zo ontvouwt zich in 'De geheime oorsprong' een verhaal over onze echte oorsprong en een daadwerkelijk gevaar dat de mensheid bedreigt.