Als het weesmeisje Mary in het grote landhuis van haar oom moet gaan wonen, ontdekt ze een huis vol geheimen. ‘s Nachts hoort ze gehuil in een donkere gang. Buiten ontmoet ze Dickon, een magische jongen die met dieren kan praten. Op een dag, met de hulp van een roodborstje, ontdekt Mary achter een deur een geheime tuin met een hoge muur eromheen, die al jarenlang vergeten en verwaarloosd is. Kan Mary de tuin weer tot bloei brengen?