Bo, 89 jaar, was ooit een sterke man die zijn hele werkende leven in dienst was bij een houtzagerij. Nu laat zijn lichaam hem geleidelijk in de steek. Zijn rustige bestaan wordt zelden onderbroken door iets anders dan bezoekjes van de thuiszorg, het wekelijkse telefoongesprek met zijn enige vriend Ture en herinneringen aan vroeger, die steeds meer de plaats van het echte leven innemen. In de leegte die zijn vrouw achterliet heeft hij één troost en houvast: zijn trouwe hond Sixten. Maar Bo’s zoon Hans wil Sixten bij hem weghalen, omdat hij niet meer in staat is goed voor het dier te zorgen.
De dreiging om zijn hond te verliezen roept bij Bo een veelheid aan emoties op. Hij wil graag een betere band met zijn zoon dan hij vroeger met zijn eigen vader had, maar hij heeft moeite om de juiste woorden te vinden om zijn liefde voor Hans te uiten. Aarzelend proberen vader en zoon elkaar te bereiken, maar de koppige strijd van Bo om Sixten, zijn laatste bron van vreugde, te behouden, staat hun toenadering in de weg.
De kraanvogels vliegen naar het zuiden is een diep ontroerend en teder debuut over ouder worden, de macht over je eigen leven behouden, vriendschap en de speciale band tussen mens en dier.