Aartsbisschop Mario Rodriquez van Sevilla gelooft heilig in de Rooms-Katholieke Kerk en de opstanding van Jezus uit de dood. Wanneer hij echter geconfronteerd wordt met een manuscript waarin Jozef van Arimathea, de man die Jezus volgens de vier evangeliën zou hebben begraven, uitlegt wat er werkelijk gebeurde na de kruisiging van Jezus, worden zijn overtuigingen geschokt. Durft hij de waarheid onder ogen te zien dat zijn geloof op een leugen rust? Dwingt deze waarheid hem om af te treden als aartsbisschop? En durft hij publiekelijk toe te geven dat hij zijn geloof heeft verloren?
Jozef van Arimathea, een Joodse zakenman, woonachtig in Antiochië (1e eeuw v. Chr.), bekent in zijn manuscript wat hem dwong de waarheid over de oorsprong van het christelijk geloof te onthullen: de christelijke bisschop Ignatius van Antiochië heeft een evangelie gepubliceerd waarin de Joden ervan worden beschuldigd Jezus Christus te hebben vermoord. Dit leidt tot christelijke agressie tegen joden, die culmineert in de brandstichting van de grote synagoge van Antiochië, gevolgd door pogroms. Jozef hoopt met het openbaar maken van de waarheid over de christelijke religie, deze als vals te ontmaskeren en te vernietigen, zodat de haat van christenen jegens zijn volk zal verdwijnen.
De twee verweven verhaallijnen van Jozef van Arimathea en Franciscus leiden tot een ontknoping die even verrassend als tragisch is.
Alexander von Schmids De Laatste Christen is een geïntegreerde combinatie van een thriller, een liefdesverhaal, een historische reconstructie en een filosofische zoektocht naar de waarheid. Alles in één.