Maggie is zeer gesteld op haar broer, maar hij is beperkt in zijn begrip en daarom keert zij zich tot Philip Wakem, de zoon van de plaatselijke advocaat. Hun relatie wordt onmogelijk als meneer Tulliver en Wakem tegenover elkaar komen te staan in een rechtsgeschil waaruit Tulliver failliet te voorschijn komt.
Na de vroege dood van haar vader vertrekt Maggie naar Sint Ogg, waar haar nichtje Lucy woont. Lucy's verloofde, Stephen, wordt ongelukkig genoeg verliefd op Maggie en compromitteert haar reputatie tijdens een boottochtje op de rivier.
Maggie weigert met hem te trouwen en haar leven is zo goed als geruïneerd. Slechts een klein groepje mensen, onder wie Philip Wakem, blijft haar sympathie betuigen, tot een vreselijke overstroming alles verandert.
De Molen aan de Floss is een van de aangrijpendste verhalen over verlies van familie, tragedie en de onverbiddelijkheid van het lot in de geschiedenis van de roman en is in dit opzicht verwant aan Wuthering Heights.