Manases oudste zoon ontwikkelt eenzelfde belangstelling voor de geologie, en wordt de lieveling van zijn vader. Wanneer hij dood – om het leven gebracht – wordt aangetroffen in een verlaten steengroeve beschuldigt Manases echtgenote haar man van moord. Zijn jongste zoon keert zich van zijn vader af en sluit zich aan bij gewelddadige ultralinkse studentenbeweging. Manase rest geen andere keuze dan de strijd aan te gaan met zijn herinneringen, om de nachtmerrie die zijn heden is te overleven.
Binnen het korte bestek van De stenen getuigen slaagt Okuizumi er op ingenieuze wijze in een pijnlijk trauma te verbinden aan de afwezigheid van de vader, de studentenrevolte van de jaren zestig en de verdringing van het oorlogsverleden.