Augustus 1611. De dertienjarige Jack Fletcher spoelt aan als drenkeling op de kust van Japan, nadat het schip waarop hij met zijn vader werkt wordt overvallen door ninjapiraten, die de gehele bemanning vermoorden. Hij wordt gered door de legendarische zwaardmeester Masamoto Takeshi.
Onder leiding van Masamoto in zijn Niten Ichi-Ry, 'Een School van Twee Hemels' in Kyoto, begint Jacks training in het bushido - de weg van de krijger.
Zijn doel: wraak nemen op de moordenaar van zijn vader, de ninja die hij alleen maar kent als Drakenoog. Samen met Takeshi's dochter, de beeldschone Takiko, gaat hij op pad...
