In de Zwarte Monnik leidt het moordonderzoek zuster Pelagia naar een voor haar bekend terrein: een bezinningsklooster gesitueerd bij een afgelegen meer. In het omringende woud wonen slechts drie monniken die bovendien volledige stilte moeten betrachten. Zij kunnen dus geen helderheid verschaffen in het mysterie van de moorden die in het klooster plaatsvinden of over de geruchten over de zwarte monnik die dood en waanzin veroorzaakt. Wanneer politiechef Lagrange dicht bij de oplossing komt, loopt hij in een dodelijke val en beneemt zichzelf ogenschijnlijk het leven. Daarop wordt de hulp van Pelagia ingeroepen en zij ontdekt dat het mysterie verrassend dicht bij het moderne leven staat.