Welkom terug op Marsyas. Dit is Arthurs verhaal. Arthur Parnassus is de directeur van een weeshuis op het kleine en afgelegen eiland Marsyas. Hij werkt hard en heeft lief met heel zijn hart, zodat geen van de kinderen ooit de pijn zal voelen die hij ooit voelde als wees op datzelfde eiland. Arthur is niet alleen, hij wordt vergezeld door de liefde van zijn leven, Linus Baker, een voormalig maatschappelijk werker van het ministerie van Toezicht Magische Jeugd. En ze worden bijgestaan door de eilandnimf Zoé Chapelwhite en haar vriendin Helen Webb. Samen zullen ze er alles aan doen om de kinderen te beschermen. Wanneer Arthur wordt opgeroepen om een publieke verklaring af te leggen over zijn duistere verleden, staat hij aan het begin van een strijd voor de toekomst die zijn familie, en alle magische kinderen, verdienen. Als een nieuw magisch kind, de jonge yeti David, zich bij hun in huis hoopt te voegen, weet Arthur dat ze op een breekpunt staan: hun familie zal sterker worden dan ooit óf uit elkaar vallen.