Terwijl de paleontoloog Calvin Cohn op de oceaanbodem bezig is met onderzoek, verwoest een atoomoorlog de mensheid. De aarde is weer woest en ledig en bedekt met een Tweede Zondvloed. Dat Cohn gespaard is gebleven, is laat God hem weten, een vervelende bijkomstigheid die Hij vroeg of laat recht zal zetten. God blijkt echter nog enkele steekjes te hebben laten vallen. Cohn vindt op zijn onderzoeksschip een chimpansee die doofstommentaal kent, en bereikt een eiland waar hij al gauw bezig is een gezelschap van mensapen op te leiden tot en nieuwe, rechtvaardige samenleving. Hij onderwijst ze taal, geschiedenis der mensheid, het Oude en het Nieuwe Testament, en leert ze de joodse geschiedenis en tradities. Cohn tracht ze te behoeden voor de fouten die tot de ondergang van de mensheid hebben geleid; hij werkt mee aan de stichting van een nieuw, veelbelovend aperas. Hij blijft echter een wetenschapsman die een primair geloof in Gods goedheid mist. Zijn experiment loopt hem danig uit de hand, en de apen houden er zo hun eigen bijbelinterpretaties op na...
Malamud stelt in De gratie Gods elementaire vragen aan de orde zoals de relatie tussen God en mens, het wezen van communicatie, de strijd tussen rationaliteit en gevoel. Ondanks zijn sombere conclusies is dit boek zeer licht van toon en buitengewoon humoristisch.
