Als je met een tijdmachine naar de kruisiging van Jezus zou kunnen reizen, zou je dan proberen hem te redden?
Het Armageddon-complot begint met de laatste scènes van Het Messias- mysterie, maar nu verteld uit een ander perspectief: de scéne waarin de originele video, die de hele tijd in het bezit van de archeoloog Stephen Foxx is geweest, wordt gestolen door een groep geheimzinnige mannen. Het lijkt erop dat het geheimagenten van het Vaticaan zijn.
Het zijn echter geen afgezanten van het Vaticaan. En de mannen zijn ook niet geïnteresseerd in de opname, maar in de videoband zelf, omdat zich daarin een heel speciaal stukje metaal bevindt. De reden daarvoor is de door een Russische natuurkundige ontwikkelde, nagenoeg onbekende theorie, volgens welke het tijdreizen met huidige middelen mogelijk is. De enige en tot dat moment onvervulbare voorwaarde is dat je daar materie voor nodig hebt die al eens door de tijd is gereisd.
Samuel Barron, een Amerikaan en een van de rijkste mannen ter wereld, voelt zich geroepen om gebruik te maken van deze technologie. Barron wil de Bijbel waarheid laten worden, maar daarvoor moet het eerst het Armageddon plaatsvinden, de grootste en meest vernietigende oorlog aller tijden en de definitieve strijd tussen de machten van het goede en het kwade.
Het Armageddon-complot is op deze manier, zoals het alleen bij tijdreisverhalen mogelijk is, niet alleen sequel maar ook prequel.
