Tegen alle verwachtingen in heeft Constance een manier gevonden om terug te reizen naar haar geboorteplek: New York City in de late negentiende eeuw. Ze begint aan een missie om de dood van haar broer en zus te voorkomen, en om de beruchte seriemoordenaar, dr. Enoch Leng, te stoppen voordat zijn snode experimenten zich ontplooien.
Ondertussen, in het huidige New York, zoekt FBI-agent Pendergast wanhopig naar een manier om zich te herenigen met Constance… Lukt het hem om een manier te vinden, voordat het te laat is?