Alex Stern heeft altijd geesten kunnen zien, maar ze had nooit verwacht dat die gave nog eens van pas zou komen. Als ze na een jeugd vol angsten een beurs krijgt om aan de prestigieuze Yale-universiteit te studeren, is ze stomverbaasd. Waarom wordt uitgerekend zij uitgenodigd? Het antwoord blijkt al snel: vanwege haar gave. Op Yale maken acht geheime genootschappen de dienst uit. Ze opereren vanuit de schaduwen, waar ze rituelen uitvoeren die de wereld naar de hand van de elite zetten. Om hun activiteiten veilig en geheim te houden, bestaat Het negende huis. Een negende genootschap dat de taak heeft de geesten op afstand en de levenden veilig te houden.
Als het lijk van een neergestoken meisje wordt gevonden, komt Het negende huis direct in actie. De genootschappen ontkennen elke verantwoordelijkheid, maar Alex heeft haar twijfels. Ze gaat op onderzoek uit en hoe dichter ze bij de waarheid komt, des te groter wordt het gevaar. Alex wordt in de gaten gehouden en de geesten worden steeds agressiever. Als haar mentor – de leider van Het negende huis – verdwijnt, is de chaos compleet. Hoe kan Alex zich verweren tegen een onzichtbare vijand die overal tegelijkertijd lijkt te zijn?