Stormwind jaagt een schip door de Amsterdamse haven. Aan boord ligt een zwaargewonde matroos. Ongeval of misdrijf? Het is het begin van een aantal vreemde zaken, zoals de kennelijk opzettelijke stranding van een schip, het verdwijnen van de uitvinding van een alchemist en het onderzoek naar een kwart eeuw oude moord op een jonge knaap. De kwesties lijken op het eerste gezicht niets met elkaar te maken te hebben. Toch moet waterschout Lootsman het verband tussen deze zaken vinden voor hij een duivels plan kan verijdelen dat een jeugdvriend van hem in het verderf moet storten en hemzelf in ernstige problemen kan brengen.
In Het onderwaterschip weet historicus Ashe Stil opnieuw het Amsterdam van de Gouden Eeuw op een boeiende en onderhoudende wijze tot leven te brengen.
