In juli 2001 kreeg de chief van de Navajo-indianen uit handen van president George W. Bush een hoge onderscheiding voor de verdiensten van zijn volk in de Tweede Wereldoorlog. In de strijd van de Amerikanen tegen Japan in het Pacifisch gebied in de Tweede Wereldoorlog werd de taal van de Navajo-indianen namelijk gebruikt als code voor geheime berichten, omdat de Japanners die onmogelijk konden breken. Elke spreker van de Navajo-code kreeg een persoonlijke 'bodyguard' omdat zijn bijdrage aan de strijd absoluut onmisbaar was. Maar wat de Navajo's lang niet altijd wisten, was dat hun bodyguard de opdracht had zichzelf én de beschermde codespreker te doden als zij in handen van de vijand zouden vallen'.
In De Navajo-code ontmoeten twee mannen uit volstrekt verschillende werelden elkaar in het heetst van de strijd. Joe Enders is een doorgewinterde soldaat die geplaagd wordt door een verschrikkelijk schuldgevoel omdat hij de enige overlevende is van een bloedige confrontatie met de Jappen. Ben Yahzee, een sympathieke, trotse Navajo-indiaan, is codespreker, die als een van de weinigen de geheime militaire code beheerst, die is afgeleid van zijn moedertaal.
Een marinier in gevecht met zijn persoonlijke kwelgeesten en een onervaren soldaat strijdend tegen vooroordeel en zijn eigen angsten: hun beider levens komen samen in de verschrikkelijke hel van de oorlog in de Pacific.