In Onder water keert de lezer terug naar Acker’s Gap, het gehucht waar de lezers van Onderhuids openbaar aanklager Bell Elkins leerden kennen.
Telefoontjes op de vroege morgen zijn zelden goed nieuws, dus wanneer openbaar aanklager Bell Elkins gebeld wordt, weet ze al dat ze iets onaangenaams te horen gaat krijgen. Het lichaam van de zestienjarige Lucinda Trimble is gevonden op de bodem van de rivier. Het meisje was al dood voordat ze in het water gedumpt werd.
De zaak komt voor Bell op een lastig moment: haar dochter heeft besloten bij haar vader te gaan wonen; haar beste vriend, sheriff Nick Fogelsong, gedraagt zich de laatste tijd vreemd en een figuur uit het verleden duikt plotseling op zonder dat ze precies weet waarom. Op zoek naar de waarheid, zowel over Lucinda als over haar eigen relaties, begeeft Bell zich uiteindelijk op een hellend vlak waarbij haar eigen leven in gevaar dreigt te komen.