John Rain is een ex-CIA-agent van Japans-Amerikaanse afkomst. Zijn echte naam: Fujiwara Junichi. Zijn beroep: huurmoordenaar, gespecialiseerd in 'dood door natuurlijke oorzaak'.
Na een reeks moordaanslagen zit zowel de Amerikaanse als de Japanse veiligheidsdienst Rain op de hielen. Om aan hen te ontkomen zet hij zijn eigen dood en begrafenis in scène. Rains voornemen om ergens in Japan onder te duiken en een rustig, anoniem bestaan te leiden, is geen lang leven beschoren. Tatsu, het hoofd van de Keisatsucho, de Japanse FBI, komt hen op het spoor en eist een dienst van hem. Als John Rain zijn anonimiteit wil behouden, zal hij moeten instemmen.
Door de opdracht komt Rain terecht in de broeierige onderwereld van Tokyo. Het is slechts het begin van een reeks gebeurtenissen met verstrekkende gevolgen. Hij weet dat hij genadeloos gemanipuleerd wordt, maar door wie precies en waarom? Rain vertrouwt niemand meer. Zelfs zijn enige vriend en handlanger dreigt hem in een dodelijke hinderlaag te lokken...
