Ouder en wijzer koerst Ezio Auditore richting de verloren bibliotheek van Altaïr. Hier ligt het geheim waarmee de Tempeliers definitief verslagen kunnen worden. Maar liefst vijf sleutels zijn nodig om de bilbiotheek te betreden. Om die te vinden moet Ezio naar Constantinopel, waar een groot Tempeliersleger het Ottomaanse Rijk omver dreigt te werpen. Ezio moet de Tempeliers te slim af zijn. Wat begon als een pelgrimstocht wordt een strijd tegen de tijd.