De laatste puzzelstukjes in het mysterie van Team Leonardo vallen in hun plaats. Emil komt eindelijk te weten wat zijn grootvader met de raadselachtige groep wetenschappers te maken heeft. Samen met zijn vrienden doet hij een verrassende ontdekking. Het zorgt echter ook voor een nieuw gevaar. Want iemand wil de draad van Team Leonardo weer opnemen en deze tegenstander zou weleens te sterk kunnen zijn voor de jonge speurneuzen.