Bourne viert met zijn geliefde vakantie op Bali als hij in een hinderlaag loopt. Hij overleeft de moordaanslag en duikt zwaargewond onder om te herstellen. Hij neemt een nieuwe identiteit aan en begint met een missie om uit te vinden wie hem probeerde te vermoorden.
Maar tijdens de periode van herstel wordt hij hard met zichzelf geconfronteerd: wie is hij nu eigenlijk, welk deel is van Bourne, welk deel van hemzelf en wat blijft er van hem over zonder de Bourne-identiteit?
