Drie maanden nadat de vrienden Tom, Lisa, Sophie en Jack hun avontuur met Leonardo da Vinci ternauwernood hebben overleefd, staan ze voor een belangrijke keuze; om een geheimzinnige boodschap uit het verleden te ontrafelen moeten ze de wet overtreden of terug in de tijd. Dan blijkt de Amerikaanse president vermist. In een poging hem te vinden belanden ze in levensbedreigende situaties. Ze stelen een luchtballon, zetten het Rijksmuseum op stelten en moeten een list verzinnen om aan de galg te ontkomen. Lukt het ze om de president ooit nog terug te vinden? Secrets Scouts en De Vermiste President is het vervolg op Secrets Scouts en De Verloren Leonardo...