Op een dag in 2013 komen de tieners Ayan en Leila onverwacht niet thuis. ’s Avonds bereikt hun vader het bericht dat ze naar Syrië zijn vertrokken om te strijden in het kalifaat. Hij, zelf een voormalig kindsoldaat in zijn geboorteland Somalië, gaat naar hen op zoek, een reis die hem zal leiden naar gebieden die gecontroleerd worden door is. Met gevaar voor eigen leven probeert hij zijn dochters te bereiken, maar die zijn inmiddels getrouwd met is-strijders, en keren niet meer terug naar hun radeloze familie in Noorwegen.
Twee zussen is het verhaal van twee meisjes die een oorlog vechten die hun familie en een land splijt. En het is het verhaal over ons, in het gepolariseerde West-Europa van vandaag.