De weg naar het missionariaat valt hem zwaar. Hij heeft problemen met het strenge, volgens hem te Duitsche regime van de SVD. Vooral zijn verblijf aan het Collegia Verbi Divini in Rome ervaart hij in alle opzichten als een vuurproef. Hij worstelt met zichzelf en zijn roeping.
In 1936 vertrekt Antoon naar Flores. Het pioniersbestaan van de missionaris is aanstaande, zo lijkt het. Hij wordt aanvankelijk echter secretaris van de bisschop in Ndona en ontmoet daar de jonge rebel Sukarno.
In januari 1941 wordt hij alsnog missionaris. Niet lang daarna volgt de internering in een Japans concentratiekamp, waar hij zich ontpopt als een buitenbeentje onder de andere paters. Na zijn internering keert Toon terug naar zijn missiepost. Onder invloed van de Indonesische onafhankelijksstrijd nemen de twijfels over de betekenis van de katholieke missiebeweging bij Antoon toe.
In juli 1949 keert hij terug naar Nederland. Meer en meer raakt hij ervan overtuigd dat je er met zielenjagen niet komt. Het gaat om meer, heel veel meer. Aan het missiewerk gaat iets vooraf. Je moet de mensen helpen zich te emanciperen. In 1956 keert Toon terug naar Flores. Zijn uitgesproken opvattingen en weinig diplomatiek optreden brengen hem in conflict met de heersende orde in de Floresmissie.
In 1959 keert Antoon terug naar Nederland, ditmaal voorgoed. Hij aanvaardt een baan als onderzoeker voor het KASKI. Te midden van veel twijfelende en zelfs uittredende collega-paters en missionarissen knelt het celibaat. In 1969 trouwt Antoon met Truus Krijgsman.