Joske is verpleegkundige op een nierdialyse-afdeling. Door het regelmatige contact met de patiënten ontstaat vriendschap met Rosalie, een jonge vrouw die lijdt aan ernstig nierfalen. Dat Rosalie niet gelovig is, staat hun vriendschap niet in de weg.
Buiten haar werk zingt Joske bij een kerkkoor en ontmoet daar Marco. Ze valt voor zijn sympathieke persoonlijkheid, maar als ze een relatie krijgen, twijfelt Joske of hij wel de ware voor haar is. Voordat ze daarachter kan komen, doet Marco haar een bekentenis die alles in een ander licht zet.
Wanneer kort daarna Rosalie onverwacht overlijdt, is dat voor Joske te veel. Ze heeft rust nodig. Die vindt ze aan de kust van Engeland, waar ze een tijdje het gezin van vrienden opvangt.
Eenmaal weer terug in Nederland ontmoet ze Hidde, de man van Rosalie. Door wat hij haar vertelt, ontdekt Joske dat Gods wegen veel hoger zijn dan haar gedachten!
Wat niet verloren is is een verhaal over vriendschap, liefde en verlies. De romans van Nelleke Wander staan erom bekend dat ze een psychologische insteek hebben en invoelend geschreven zijn. Deze roman beschrijft het leven van een jonge vrouw, haar zoektocht naar en de verwondering over Gods weg in het leven.