In maart 1999 eindigde in Jordanië de periode van veertig dagen rouw na de dood van Koning Hoessein. Er werd voor die gelegenheid amnestie gegeven aan een grote groep gevangenen. Een van hen was Abu Musab al-Zarqawi. Deze man werd de spil in het terrorisme in de regio en een drijvende kracht achter het radicale Islamitische gedachtengoed.
In 2003 vielen de Amerikanen Irak binnen en Zarqawi werd onterecht gelinkt aan Bin Laden. Daarmee werd hij onbedoeld een boegbeeld voor de radicalen, vele extremisten schaarden zich achter hem. In 2006 werd al-Zarqawi gedood bij een luchtaanval, maar zijn radicale gedachtengoed had al veel aanhangers. Het begon bij Al Qaida in Irak, maar splitste zich na een tijd af als IS. Toen de burgeroorlog in Syrië uitbrak, greep IS de mogelijkheid om Zarqawis droom, een ultra-conservatief kalifaat, na te jagen.
Warrick heeft hooggeplaatste bronnen binnen de CIA en de Jordaanse inlichtingendienst gesproken. Zwarte vlaggen is een bloedstollend boek.