In het oude centrum van Barcelona ligt het Kerkhof der Vergeten Boeken. Hoofdpersoon Daniel Sempere wordt door zijn vader, weduwnaar en boekhandelaar, meegenomen naar deze geheimzinnige, verborgen wereld van verhalen. Vanaf dat moment neemt Daniels leven een wending die hij niet had kunnen voorzien. Hij mag een boek uitkiezen en kiest De schaduw van de wind, geschreven door een zekere Julián Carax. Het boek laat hem niet meer los, ook al schudt de wereld tijdens het grauwe Franco-regime om hem heen op zijn grondvesten. Hij wil alles weten over het boek en de schrijver. En merkwaardigerwijs lijken alle mensen die hij ontmoet, ook de vrouwen op wie hij verliefd wordt, deel uit te maken van het grote spel waarvan het boek het middelpunt vormt.
