Natuurfilosoof Bram Wenksterman bewoont een pand aan de Amsterdamse Keizersgracht dat al generaties in zijn familie is. In de immense achtertuin liggen zijn voorouders begraven. De fundering moet dringend worden aangepakt en er zit niets anders op dan geld te vragen aan zijn rijke schoonvader. Dat ligt gevoelig, want Wenkstermans vrouw is pas opgenomen in een psychiatrische inrichting en de meningen zijn verdeeld: was dit wel de juiste beslissing? Ondertussen organiseert zijn minnares een verrassingsfeest voor zijn vijfenvijftigste verjaardag. Als zijn dochter Amber voor die gelegenheid naar huis komt, ontdekt ze een voortwoekerend geheim. Het feest blijkt de aanzet tot een dramatische samenloop der dingen.
Houtrot is een filosofische roman over schuld, verraad en familieloyaliteit. In de strak gecomponeerde plot ontrolt een episch verhaal zich in drie dagen tot een rokende puinhoop.