Pendelend tussen Polen en New York vertelt Maus twee indrukwekkende verhalen:
Het eerste is het verhaal van Spiegelmans vader over hoe hij en zijn vrouw het Eruopa van Hitler overleefden, een bloedstollend verhaal vol ontelbare confrontaties met de dood, onwaarschijnlijke ontsnappingen en de verschrikking van opsluiting en verraad.
Het tweede is de gekwelde relatie met zijn ouder wordende vader, waarin ze proberen een gewoon leven te leiden met ruzietjes en bezoekjes, tegen een achtergrond van een historie die te groot is om je mee te kunnen verzoenen.