Plastisch chirurg Tomas Augustus zit gevangen in de sleur van zijn huwelijk als hij tot zijn eigen verbazing verliefd wordt op de veel jongere Maria. Voor het eerst twijfelt hij werkelijk aan de keuzes die hij eerder heeft gemaakt, en aan de leugen die hij leeft. Maar net nu Tomas kans ziet op een nieuw begin, wordt het land lamgelegd door een dodelijke, uiterst besmettelijke ziekte. Een groot deel van de bevolking valt aan de epidemie ten prooi, en Tomas is een van de weinige overlevenden. Verscholen in zijn huis vertelt hij zijn levensverhaal. Een leven lang werd hij niet geraakt. Waarom vervolgens plotseling wel?
Quarantaine is het beangstigende verhaal van een heel land op slot en van een cynicus die laat, misschien wel te laat, leert wat het betekent mens te zijn.